قال رئيس وزراء السودان السابق، الصادق المهدي إن "للإسلام في السودان خصوصيةً، حيث دخل سلمياً عن طريق الطرق الصوفية، والعلماء، والهجرات، والتجارة"، واصفاً التصوف بأنه "أكثر مدارس الإسلام تسامحاً"، لافتاً إلى أن المدارس الإسلامية التي وفدت لاحقاً، وأهمها المدرسة السلفية والإخوانية الحركية ، اهتمت بمسائل أخرى، فالسلفية اتخذت طابعاً تربوياً ودعوياً، فيما أعطت الحركة الإخوانية أولوية للعنصر السياسي، وهو ما جذب حركة التحرير الإسلامي التي كوّنت مع الآخرين جبهة الميثاق الإسلامي التي اتخذت بدورها بقيادة أمينها العام حسن الترابي شكلاً جبهوياً شعبوياً مخالفاً لنهج الإخوان التقليدي.

  وفي دراسته "مستقبل الحركة الإسلامية على ضوء المتغيرات الأخيرة" التي نشرها مركز المسبار للدراسات والبحوث بدبي، حدد الصادق المهدي الثغرات التي واجهت التجربة الانقلابية السودانية، ب" أنه في كافة الأنشطة السياسية التي يشترك فيها مدنيون وعسكريون ينشأ توتر، وأن الحركات الإسلامية تنجح في التعبئة والمعارضة من دون أن يصحب ذلك برامج محددة فإذا آلت إليهم المسؤولية انكشف هذا الضعف، وأن ادّعاء الإسلاميين حصرية التحدث باسم الاسلام أوجد استقطاباً حادّاً في الجسم الإسلامي في السودان، وأن الحرب الأهلية في الجنوب كانت أشبه بحركة مطلبية تطالب بنصيب عادل في السلطة وفي الثروة، وبالاستثناء من تطبيق الأحكام الإسلامية عليهم. 



   وقسّم المهدي في دراسته التي نشرت ضمن عشر دراسات في كتاب "الإسلاميون في السودان من التأسيس إلى الانفصال" مراحل التجرية "الانقاذية" إلى أربع مراحل مؤكداً أن "الإسلام ما زال في معظم البلدان الإسلامية يستأثر بالرأسمال الاجتماعي، وما زال يحتفظ بصفة البديل للأوضاع القائمة بصورة تلقائية بحيث يؤدي المزيد من الديمقراطية إلى المزيد من الأسلمة"، على اعتبار أن "للإسلام حيوية ذاتية تجعله يتوهج رغم تمسّح الفاشلين به. بل تجعله يتمدد في كل أنحاء العالم رغم ضعف وهوان المسلمين".