أكدت الهيئة العامة للاستثمار المصرية عدم تأثر الاستثمارات والمستثمرين العرب والأجانب بالمناطق الحرة بالقرارات الأخيرة لمصلحة الضرائب والخاصة بإلغاء الإعفاءات وتراخيص الشركات والمصانع بنظام المناطق الحرة والتي لا تتعدى 2% من إجمالي المناطق بنحو 37مشروعا.
وعلى الرغم من هذه التأكيدات رأى مستثمرون وخبراء ضرائب ان الصورة غير واضحة في ظل عدم صدور القواعد التنظيمية لتطبيق القرارات الأخيرة التي وصفوها بأنها جاءت مفاجئة وتضر بسمعة التشريعات الاقتصادية المصرية.
ومن جانبها تعكف مصلحة الضرائب المصرية حاليا على اعداد القواعد والضوابط التنفيذية التنظيمية لمعاملة المشروعات المقامة بنظام المناطق الحرة في اطار إلغاء تراخيص نشاطها وتحويلها لنظام الاستثمار الداخلي، وهي المشروعات كثيفة استخدام الطاقة "صناعات البترول والغاز الطبيعي والحديد والصلب والأسمدة".
على صعيد آخر، قالت الهيئة العامة للاستثمار والمناطق الحرة انها لم تصدر موافقات بمنح تراخيص لهذه المشروعات للعمل بنظام المناطق الحرة منذ عامين مما يؤكد ان هذه الشركات كانت تعلم بقرار إلغاء تراخيص هذه المشروعات وتم ابلاغها قبل صدوره بخلاف ما يعتقد البعض. وقال رئيس قطاع المناطق الحرة بالهيئة العامة للاستثمار عادل مسعود ان الهيئة لم تتلق اي شكاوى من الشركات صاحبة المشروعات التي تم الغاء تراخيصها بهذا النظام وتحويلها لنظام الاستثمارالداخلي عقب قرارات مايو الشهيرة بإلغاء الاعفاءات الضريبية لهذه الانشطة حسب القانون 114لسنة