اوصت الهيئة الفلسطينية المستقلة لحقوق المواطن السلطة الفلسطينية بتحمل المسؤولية القانونية عن وفاة المواطن مجد البرغوثي، امام مسجد قرية كوبر شمال رام الله في سجون المخابرات الفلسطينية، وإصدار التعليمات لمعاقبة المتورطين في ممارسة التعذيب وسوء المعاملة. جاء ذلك في تقرير تضمن نتائج تقصي الحقائق الذي قامت به الهيئة في ملابسات وفاة البرغوثي، حيث طالبت الهيئة بتطبيق ما جاء في تقرير اللجنة البرلمانية من توصيات حول الوفاة والتي حملت في حينه ايضا جهاز المخابرات المسؤولية عن الوفاة. يذكر ان الهيئة المستقلة شكلت بقرار من الرئيس الفلسطيني الراحل ياسر عرفات، لتقوم بمهام الرقابة على اداء السلطة الفلسطينية. وأكدت الهيئة في تقريرها "غياب الإجراءات القانونية في عملية التوقيف والاعتقال، وغياب ضمانات المحاكمة العادلة"، لافتة إلى منع البرغوثي قبل وفاته من توكيل محام أو زيارة الأهل أو الاتصال بالعالم الخارجي أثناء التحقيق والتوقيف.

كما أكد التقرير "تعرض البرغوثي إلى التعذيب والضرب والشتم والشبح أثناء وجوده في مقر التحقيق، وهو ما ظهر جليا من خلال الإفادات والصور والدلائل التي حصلت عليها الهيئة مثل وجود علامات وآثار لإصابات على جسد البرغوثي. كما أشار التقرير إلى "عدم اتخاذ الدور المطلوب من قبل السلطة بإعلان الوفاة بشكل رسمي، حيث عرف الأهل عن طريق بعض الأقارب الذين يعملون في الجهاز، علما انه تم إدخال البرغوثي باسم (أيمن) لمستشفى خالد الجراحي مرتين خلال توقيفه ولم يدخل باسمه الحقيقي..". الى ذلك طالبت الهيئة جهاز المخابرات العامة والأجهزة الأمنية الأخرى بالتقيد بالقوانين والأنظمة التي تحظر التعذيب وإساءة المعاملة واتخاذ إجراءات عملية وفعالة وملموسة لضمان إنهاء ظاهرة التعذيب وسوء المعاملة في المراكز التابعة لجهاز المخابرات العامة والأجهزة الأمنية الأخرى".