أصبح الوجود الإسلامي في اليابان اليوم ظاهراً للعيان والمسلمون موجودون في مختلف أنحاء اليابان من أقصى الشمال في جزيرة هوكايدو إلى أقصى الجنوب في آخر جزيرة من مجموعة جزر أوكيناوا المحاذية لتايوان.
ويوجد حالياً في اليابان أكثر من أربعمائة ألف مسلم منهم مائة ألف مواطن ياباني.
وتحتضن اليابان ما يقرب من مائة جمعية وتجمع إسلامي لمختلف الأجناس سواء من اليابانيين أو من أبناء الجنسيات والمقيمين في اليابان ومن مختلف المهن ، التجار أو الصناع أو المهنيين أو الطلبة أو الرجال والنساء.
وأصبحت المساجد والمصليات سواء المملوكة أو المؤجرة منتشرة بفضل من الله في كل مكان في قلب طوكيو وما حولها وفي بقية المدن اليابانية.
ومن أشهر المساجد الموجودة في اليابان مسجد مدينة كوبي الذي نجا من التدمير بفضل الله في الحرب العالمية الثانية.
ويعد المركز الإسلامي في اليابان من أهم الهيئات الإسلامية.. وتأسس منذ خمسة وعشرين عاماً واتخذ الدعوة ودعم الوجود الإسلامي والتعريف بالإسلام وتعضيد توطين الجالية الإسلامية في اليابان شعاراً له.ويثمن المسلمون اليابانيون الدعم الذي يتلقونه من المملكة العربية السعودية منذ أيام الملك عبدالعزيز بن عبدالرحمن آل سعود رحمه الله الذي أرسل سفير المملكة في لندن حافظ وهبة لحضور افتتاح مسجد طوكيو عام 1938م.
وتواصل هذا الدعم بعد ذلك فقد أرسل الملك فيصل بن عبدالعزيز رحمه الله بعثة من سبعة أشخاص عام 1973م وانشأت المركز الإسلامي كما تبرع الملك خالد بن عبدالعزيز رحمه الله بالمقر الحالي للمركز.
وحظي المركز الإسلامي الياباني بالدعم والمساندة من خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبدالعزيز آل سعود رحمه الله إذ أصدر توجيهه بتخصيص مبلغ مليون وثلاثمائة ألف دولار لميزانية تشغيل المعهد الإسلامي في طوكيو التابع لجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية.
كما أمر الملك فهد بن عبدالعزيز رحمه الله بإعادة بناء المعهد العربي الإسلامي في طوكيو بمبلغ يزيد على ثلاثين مليون ريال ليكون مركز اشعاع حضاري وثقافي.
وقد أعيد افتتاحه أثناء زيارة خادم الحرمين الشريفين الملك عبدالله بن عبدالعزيز آل سعود (عندما كان ولياً للعهد آنذاك) لليابان في غرة شهر رجب 1419ه .