أفصح ديوان المراقبة العامة عن معوقات عمله وأكد في تقريره السنوي للعام المالي 38ـ1439 المرفوع إلى خادم الحرمين الشريفين أنه ما زال يواجه أثناء ممارسته لمهامه الرقابية عدداً من الصعوبات مثل عدم تجاوب بعض الجهات المشمولة برقابته واستمرارها في حجب المعلومات وعدم تمكين الديوان من ممارسة اختصاصاته بحرية واستقلالية تامة، ومعوقات أخرى تتعلق بتقادم بعض الأنظمة ولوائحها وقصورها عن مواكبة كثير من المستجدات في حقول الإدارة والتنظيم والمالية العامة وضعف إمكاناتها المادية والفنية والبشرية المؤهلة، الأمر الذي يؤدي إلى كثرة مخالفات الأنظمة واللوائح وتجاوزها ومحاولة تأويل نصوصها لتبرير المخالفات وتكرارها ومن ثم اختلاف وجهات النظر حيال تفسير تلك النصوص وإحالتها للجان مختلفة.

وشكا ديوان المراقبة من تكرار المخالفات المالية والتجاوزات للأنظمة النافذة وعدم معالجتها رغم تكرر مطالبته لتلك الأجهزة بذلك، واستمرار العديد من الجهات المشمولة برقابته في ارتكاب مخالفات وتجاوزات مالية على الرغم من صدور قرارات وأوامر سامية بإجازتها استثناءً، والتأكيد على عدم تكرارها مستقبلاً.